Парасимпатическая активность берет начало в различных областях ствола мозга. Волокна, контролирующие сфинктеры зрачка, берут начало в ядрах Эдингера-Вестфаля ядерного комплекса CN III в среднем мозге. Основной вход в ядра Эдингера-Вестфаля поступает из претектальных ядер как напрямую, так и через заднюю спайку. В свою очередь, претектальные ядра получают вход напрямую от афферентных зрительных путей через зрачковый тракт, который отходит от зрительного тракта в brachium SC непосредственно перед LGN (рис. 1-47). Поражения brachium SC могут вызвать контралатеральный ОАЗД, тогда как поражения LGN не вызывают этого дефекта. Кора (особенно лобные доли), гипоталамус и ретикулярная активирующая система посылают тонические тормозные сигналы в ядра Эдингера-Вестфаля. Во время сна утрата этой тормозной активности приводит к сужению зрачка. Кроме того, ядро Эдингера-Вестфаля получает вход из более вентральных и ростральных отделов среднего мозга, что, вероятно, связано с битемпоральной разницей изображений, которая служит стимулом для конвергенции и рефлекса аккомодации.

Парасимпатические волокна и пучки CN III выходят из ядра CN III и покидают ствол мозга вентрально в межпедункулярной ямке. В субарахноидальном пространстве парасимпатические волокна, как правило, проходят по медиальной поверхностной стороне CN III. При бифуркации CN III в передней части кавернозного синуса парасимпатические волокна следуют с нижней ветвью. В верхушке орбиты эти волокна образуют синапсы в цилиарном ганглии (в отличие от симпатических и носоресничных волокон, которые проходят через ганглий без синапса). Постсинаптические волокна затем следуют вместе с ветвью, предназначенной для нижней косой мышцы, присоединяясь к коротким задним ресничным нервам для достижения переднего сегмента и сфинктеров радужки. Сфинктеры в совокупности имеют диаметр примерно 0.8 мм и толщину 0.15 мм. Они проходят по окружности вокруг края зрачка непосредственно перед задним пигментным эпителием и центральнее места окончания клеток дилататора. Мышцы состоят из единиц, каждая из которых включает 5–8 мышечных клеток.

Парасимпатическая иннервация слезной железы берет начало в верхнем слюноотделительном (саливаторном) ядре, расположенном в каудальной части моста латеральнее моторного ядра CN VII (см. рис. 1-45). Это ядро получает сенсорный вход от CN V и дополнительные афферентные волокна из гипоталамуса. Эфферентные парасимпатические волокна для слезного, слизистого и слюнного секретов выходят из ядра, объединяясь с другими парасимпатическими эфферентными волокнами из слюноотделительного ядра и следуя вместе с афферентными вкусовыми волокнами от передних двух третей языка в nervus intermedius. Вкусовые волокна образуют синапсы в nucleus of the tractus solitarius параллельно пучкам CN VII в nervus intermedius (см. рис. 1-44). Этот нерв объединяется с CN VII, чтобы выйти из ствола мозга на его вентральной поверхности на мостомозговом переходе. Вместе с другими пучками CN VII парасимпатические волокна nervus intermedius идут латерально к внутреннему слуховому проходу. Внутри пирамидной кости и фаллопиевого канала парасимпатические волокна выходят в коленчатом ганглии, а затем проходят поверхностно по пирамидной кости вместе с большим поверхностным скалистым нервом. Этот ход параллелен ходу ICA. В области, где ICA поворачивает, чтобы подняться в кавернозный синус, волокна присоединяются к видианову нерву, который затем проходит через клиновидную кость параллельно и ниже foramen rotundum, чтобы попасть в крылонебное пространство. Волокна образуют синапсы в крылонебном ганглии (см. рис. 1-45). Постганглионарные волокна идут вверх через нижнюю глазничную щель, а затем вместе со слезным нервом для иннервации слезной железы. Этот путь также отвечает за рефлекторное слезотечение.